液相色譜儀常見故障有以下幾種：
一、流動相脫氣不充分
流動相受熱，或者流動相不同組分混合時會有氣體產生，氣泡進人泵內引起壓力波動，增加噪音，色譜圖上出現毛刺。可試用下列方法解決問題流動相再脫氣采用更有效的脫氣方法(如通氮氣保護)或兩種方法配合使用改系統內混合為系統外低壓預混合。如果仍有毛刺，應考慮在檢測器后面加阻尼器。
二、流動相供給不暢
流動相供給不暢可能的原因是流動相已接近用完了，管路中吸人氣體引起泵壓力不穩。應經常觀察貯液器中流動相的量，加足流動相保證所有的樣品分析完畢。輸液管路上安裝沉子沉至瓶底，貯液器蓋上留一小孔正好夾住進液管，使其不能上下移動。過濾器阻塞會引起管道和泵腔空化，使壓力不穩。當過濾器被微粒所阻塞或長霉時，去掉過濾器后系統會運轉正常，換上新過濾器即可。有時候換上新過濾器仍然不暢，那就需要檢查流動相的制備過程，或者換大孔徑的過濾器。不管如何，流動相都要重新過濾。流速過高、阻力大，造成空化現象，這是由于過濾器孔徑、管道內徑、流速和溶劑黏度等引起的。
出現這種現象，試用下列方法解決
1.試用低流速，若問題解決了則再進行下一步
2.換大孔徑的過濾器
3.增加進液管路內徑
4.抬高或加壓貯液器
5.改低流速
6.不用入口過濾器（但流動相一定要先過濾）。
當貯液器蓋子太緊，在貯液器內形成真空，打出的流動相不連續。應松開蓋子或留有lmm的縫隙。進液管路阻塞或彎曲折疊會使泵抽不到液，注意調整進液路道或更新。其它問題，包括滲漏或接頭松動、低壓混合器過濾器阻塞、泵部件損壞（密封墊等），都能引起供液不正常。
三、貯液器或流動相被污染
由于貯液器或流動相被污染，會出現：產生的有規則的噪音增大、檢測器基線上升。流動相中污染物可能被泵以穩定的濃度打入系統，而后再以穩定的濃度流出來，所以在色譜圖中不出多余的峰。
用梯度洗脫時，弱流動相條件可使污染物聚在柱頂，流動相強度增加后污染物可能被洗脫出來一個大的鬼峰。有時液相色譜儀基線噪音突然增大或突然抬高，都是因為反復加進新流動相或系統用得太久(如通宵)造成的。新加進的流動相中有污染物或者流動相長霉，繁殖了細菌。不干凈的貯液器會污染清潔的流動相。每種流動相備有的貯液器，或者定期報廢貯液器，都是良好的工作習慣流動相污染源來自這幾個方面試劑質量不高玻璃器皿不合格微生物的影響；配制流動相時操作不當等。因此要求用高純度化學試劑和HPLC級溶劑。一旦發現試劑有問題應堅決報廢掉。
玻璃器皿應按規定清洗干凈。為防止生長微生物，每天要按前述的方法清洗系統。懷疑系統內生長了微生物時，可用稀硝酸沖洗(注意不要損壞柱和管路系統)。在緩沖液內加生長抑制劑（0.04%疊氮鈉）或冷藏緩沖液，每天用0.2μm的過濾器過濾緩沖液，也會有效地防止微生物污染系統真空脫氣時要防止泵油帶入流動相。應該用清潔的惰性塞子、攪捧、過濾器和玻璃器皿配制流動相。已經污染的色譜儀流動相一定要廢棄掉。
